La gran diferencia altitudinal de Valsequillo favorece la existencia de distintas zonas climáticas que se ven reflejadas en una amplia diversidad de especies vegetales.
En un recorrido por el municipio podemos observar la flora características de formaciones de matorral xerófilo, matorral de retama, así como codesal y pinar y hasta reductos de bosque termófilo y Monteverde.
En las cotas más bajas y en las cercanías al municipio de Telde podemos encontrar una vegetación caracterizada por la presencia de cardones (Euphorbia canariensis), tabaibas dulces (Euphorbia balsamifera), y vinagreras (Rumex lunaria), principalmente, especies propias de matorral xerófilo.
Ascendiendo en altura no podemos dejar de prestar especial atención al Barranco de Los Cernícalos que es uno de los espacios naturales protegidos más atractivos de este municipio. En un recorrido por este, puede apreciarse una excelente representación del esplendor y diversidad vegetal de la flora canaria, pasando tanto por ñameras y cañaverales como por bosquetes de retamas, destacando formaciones de acebuches (Olea europea ssp cerasiformis) y sauces (Salix canariensis) en muy buen estado de conservación, que cubren la ladera del barranco. Es destacable así mismo la presencia de más endemismos canarios como el bicácaro de flor campaniforme (Canarina canariensis), los orobales (Withania aristata), y las malvas de risco (Lavatera acerifolia) entre otras.
Otras formaciones arbóreas de gran belleza son los palmerales (Phoenix canariensis) presentes en el Valle de San Roque y Tenteniguada. La vegetación del entorno de El Rincón de Tenteniguada, es espectacular, es importante la gran cantidad de margaritas, plantas aromáticas, salvias, y amapolas, pero sobretodo la variedad de especies endémicas de las que destacan la famosa flor de mayo leñosa (Pericallis hadrosoma), una de las especies canarias más raras del género, y confinada entre los riscos del Roque y Teneteniguada a 1.000 y 1.500 metros y por supuesto el elegante taginaste azul de Tenteniguada (Echium callithyrsum), este último particularmente abundante en esta zona entre los 600 y 1.500 metros de altitud.
El incalculable valor botánico de La Caldera de Los Marteles hace que sea una buena representación de la flora endémica de la isla de Gran Canaria. En esta zona del municipio tenemos especies de Monteverde como madroños (Arbustos canariensis), muy raro de encontrar en zonas boscosas de Gran Canaria, adernos (Heberdenia excelsa) y mocanes (Visnea mocanera), entre otras.
Según vamos ascendiendo a cotas más elevadas encontramos matorral de sustitución formado por retamales y codesares, tabaibas, tederas (Bituminaria bituminosa), escobones (Chamaecytisus proliferus), destacando el almendrero (Prunus amygdalus) característico de las zonas de medianías de la isla. En cotas más altas encontramos las cumbres del macizo central intercalado por pinar que se hace más denso en las cumbres entre los 1.200 y 1.800 metros de altitud, donde se observan retamas amarillas de cumbre (Teline microphilla), endemismo de las montañas de Gran Canaria.
La importante riqueza natural existente en la Reserva Natural Especial de los Marteles, justifica sobradamente su categoría de protección lo que ha permitido que se encuentre en un buen estado de conservación. El abandono de la actividad agrícola de los últimos años unido a las acciones de repoblación de especies menos espontáneas, ha permitido la regeneración de una buena parte de los sistemas vegetales naturales de estas zonas.
Tanto La Caldera de Los Marteles como los demás espacios naturales del municipio poseen una gran diversidad florística y faunística digna de visitar para los amantes de la naturaleza y botánica.
La diversidad faunística del municipio es también destacable. En el Barranco de Los Cernícalos existe una gran abundancia de insectos que viven en las charcas carentes de contaminación. Existe una gran cantidad de especies de fauna invertebrada, de moluscos dulceacuícolas, anfípodos, plenarias, tericópteros, efímeras y otros muchos, que viven en el que puede ser el único curso de agua permanente de todo el este de Gran Canaria y uno de los pocos de la isla.
En la Caldera de Los Marteles, encontramos diferentes especies de aves nidificantes tales y como trigueros, linaceros, canarios, alpispas, tórtolas, pelirrojos y búhos chicos.
Valsequillo de Gran Canaria es un municipio de una amplísima variedad en riqueza florística y faunística, que junto a las características climatológicas y edáficas componen un buen número de ecosistemas de altísimo valor natural.
